Dag 2

Denna labbdag utfördes en PCR, en elektrofores samt klyvning av plasmider.

Vid PCRen använde vi oss av 3 separata rör, en negativ kontroll som inte ska innehålla något DNA och därmed inte borde ha någon amplifiering, en positiv kontroll som bör innehålla den gen vi vill amplifiera, samt ett rör innehållande våran plasmidlösning.

Dessa produkter användes sedan i vår elektrofores där vi undersöker om den eftersökta genen (LL-37) finns i vår plasmidlösning.
Resultatet av elektroforesen syns på bilden nedan, där vi från vänster tillsatt negativ kontroll, positiv kontroll, PCR produkten av vår plasmidlösning, markör IV, markör III och plasmidlösningen.

Som man klan se på bilden har vi fått resultat på alla 6 brunnar. Detta innebär att en carry-over kontaminering skett då den negativa kontrollen annars inte skulle haft något synbart resultat. Denna kontaminering kan ha skett i flertalet steg innan PCRen. Detta har troligtvis berott på att arbetsplatsen där vi skapat vår mastermix inte var helt rent, alternativt kan det ha skett en kontaminering i och med att vi använde oss av PCR-rör från vår vanliga labbsal och inte hade separata rör i det rena rum där vi skapade vår mastermix.
Vårat prov, vilket är i den tredje brunnen har ett något tydligare sträck vid ca 600bp vid jämförande med markör IV. Men i och med att det skett en kontaminering i den negativa kontrollen kan vi inte vara säkra på att detta är en produt från vår plasmidlösning eller om det är från en kontaminering.