Dag 4

Idag har vi slutligen avslutan våran southern blotting för att undersöka om vår LL-37 gen fanns i vår plasmidlösning från början.
Utifrån våran tidigare PCR kunde vi se att vi fått en produkt av våra primers som var rätt antal baspar långt. Vid en PCR finns det många faktorer som kan gå fel, blandannat fick vi en negativ kontroll som gav utslag vilket gör att vi inte med säkerhet kan veta om vi fann LL-37 genen för att den fanns i vår plasmid eller om den kommit dit via en carryover kontaminering.

På vårat resultat från southern blottingen syntes det ett band tydligt både vid koncentrationen av 0,5ng/mikro l och vid vår koncentration med 0,005ng/mikro l. Detta visar att southern blot är väldigt känsligt för även väldigt låga koncentrationer. Dock är en PCR även den väldigt bra på att detektera väldigt låga koncentrationer då det räcker med ett enda templat i röret för att vi ska få extremt många kopior.

Nackdelen med PCR skulle jag säga är att det lätt kan ske en kontaminering vid minsta lilla misstag, men till fördel så syns resultatet tydligt och en negativ och positiv kontroll minimerar risken att man tolkar resultatet
från en felaktigt genomförd PCR.

Southern blotting på andra sidan visar med tydlighet tack vare proberna att vi faktiskt fått den specifika genen vi vill ha och inte bara en produkt av samma storlek. Dessutom leder den till minimala skador från eventuell kontaminering.
Nackdelen med Southern blot är istället att den kräver mer arbete från din sida och har många tidsdödande steg.

Det viktigaste som jag kommer ta med mig från dessa 4 labbdagar är min utökade förståelse för de metoder som vi tidigare bara läst om samt kunskapen som krävs för att kunna utnyttja dem i praktiken.